Dans un essai, publié en juin 2019 et intitulé L'Homme désincarné, à propos de la procréation médicalement assistée ouverte aux couples de femmes et aux femmes seules, elle s'inquiète de l'institutionnalisation d'une filiation fondée uniquement sur la volonté et effaçant l'asymétrie des deux sexes dans la procréation, comme s'ils étaient interchangeables. Elle se demande si l'on doit tout justifier au nom « des intérêts individuels et des demandes sociétales ».
Dans le contexte de ces débats, en octobre 2019, une conférence sur « l'être humain à l'époque de sa reproductibilité technique » prévue à l'université Bordeaux-Montaigne est annulée à la dernière minute, à la suite de menaces émanant d'un petit groupe d'activistes "Trans" qui dénoncent en Sylviane Agacinski une militante « réactionnaire, transphobe et homophobe », accusation qu'elle conteste absolument.
Dans Face à une guerre sainte, en 2022, la réflexion sur les relations entre le politique et le religieux conduit Sylviane Agacinski à s'insurger contre "l'intolérable promotion du voilement des femmes" par le prosélytisme islamiste, pratique discriminatoire toujours associée à la "mise sous tutelle des femmes" et incompatible, selon elle, avec le principe d'égalité devant la loi.